Vesijärvi-projekti II:n tavoitteena oli esim. vähentää ulkoista ja sisäistä järvikuormitusta, vahvistaa petokalakantoja ja ohjata ravinnevirtoja tuottamaan petokalaa, kunnostaa ranta-alueita luonnon monimuotoisuuden edistämiseksi, torjua Vesijärvestä haitalliset levien massaesiintymät ja muut virkistys- tai kalastuskäyttöä häiritsevät tekijät, palauttaa järviekosysteemin tasapaino, veden kirkkaus, arvokkaat kala- ja rapukannat sekä turvata linnuston ja harvinaisten vesikasvien elinolosuhteet, lisätä tiedotusta ja syventää Vesijärvikeskustelua, lisätä yhteisöllisyyttä ja vastuullisuutta Vesijärven ympärillä sekä luoda jatkuvuutta Vesijärven tutkimukseen, kunnostamiseen ja hoitamiseen.